Almunia se narodil ve španělské Pamploně a právě tady začal hrát v mláděžnických týmech.Nikdy si moc nezachytal a tak se toulal po menších klubech jako Cartagonova nebo Sabadell a dva zápasy si zahrál i za Recreativo Huelva. Jeho talentu si všimli ve slavné Celtě Vigo a tak se stěhoval a doufal že se prosadí v jejím kádru. Zůstal ale jen krátký čas a už se znovu stěhoval. Tentokrát na hostování do Albacete Balompié kde si mohl zachytat za první tým a prokazoval skvělé výkony.

Odchytal zde 24 zápasů a jeho výkony neušli ani scoutům Arsenalu. Arsene Wenger v něm uviděl budoucí velkou hvězdu a tak se rozhodl ho hned přivést do týmu, i když už v týmu byly dva dobří brankáři . Skvělý avšak ještě chyby dělající Jens Lehmann a velmi nadějný druhý brankář Stuart Taylor.

Debutový zápas za Arsenal si Manuel zachytal v ligovém poháru proti Manchesteru City.Almunia na svou šanci čekal a to se mu vyplatilo. Po častých chybách Lehmanna dostával více příležitostí a hlavně v pohárech podával skvělé výkony, známé je jeho skvělé chytání penalt. Po odchodu Taylora a tím i uvolněním místa brankářské dvojky Almunia začal konkurovat Lehmannovy avšak častými chybami si to značně komplikoval.

Rok 2006 byl už ovšem ve znamení skvěle chytajícího Jense Lehmanna a tak na Almuniu zbylo jen místo dvojky. Později začal i uvažovat o přesunu do jiného klubu kde by dostával více příležitostí. V Lize mistrů v roce 2006 ve které jen z lavičky sledoval skvělé výkony Jense dostal obrovskou šanci se ukázat ve finále s Barcelonou. Zápas začínal na lavičce ovšem po brzkém vyloučení Jense Lehmanna musel naskočit do hry. Dlouho držel naděje na jednogólové vítězství bohužel v závěru zápasu nedokázal zabránit dvěma rychlým gólům a tak odešel poražen.

Netají se tím že by si chtěl jednou zachytat za španělský národní tým což se mu zatím nepovedlo.